O Programa de Doutoramento assume um conjunto de temas de grande importância na governação das sociedades e das economias contemporâneas, especialmente quando estamos perante os desafios da inovação. Desde logo, a noção de que a governação se tornou extraordinariamente complexa e é um processo multidimensional que mobiliza vários mecanismos de coordenação – Estado, mercado, comunidade, redes, empresas e hierarquias empresariais. O termo governação e o seu uso recorrente advêm justamente do facto de não ser possível concentrar a análise no mercado, ou no Estado ou nas estratégias empresariais consideradas individualmente. Por isso, a coordenação de atores, de processos e de dinâmicas específicas tornou-se essencial e é claro que a dimensão institucional dos desempenhos económicos e sociais conta.
 
Os processos de governação são equacionados em particular em relação a dinâmicas centrais das sociedades e economias contemporâneas, como o são a inovação ou, de uma forma mais genérica, a produção e utilização de conhecimentos. Estas interações são analisadas com ênfase em duas diferentes abordagens (correspondendo a dois perfis do programa), nomeadamente, a utilização e produção de conhecimentos e a inovação no contexto das dinâmicas da economia e das políticas públicas, e a análise dos seus impactos sociais e do modo como diferentes processos de governação procuram identificar e mitigar tais impactos. Estas duas abordagens, ainda que com diferentes ênfases, não são opostas. Precisamente um dos contributos mais inovadores do presente programa reside no modo como se procura um diálogo enriquecedor entre as duas abordagens, garantindo-se seminários comuns aos dois perfis.
 
A aproximação proposta é, assim, profundamente interdisciplinar. Valorizam-se as novas relações disciplinares e valorizam-se as formas mais inovadoras de produção de saberes dentro das disciplinas, dando também significado à diversidade dos contextos sociais, organizacionais, políticos e institucionais em que os saberes são produzidos. Neste contexto o programa dá também lugar de relevo à produção de conhecimento, tratando das políticas de ciência, dos impactos sociais do conhecimento e das tecnologias e das relações com as políticas de inovação, quer quando esta é matéria de políticas públicas, quer quando se inscreve em estruturas e processos sociais mais amplos.

Os objetivos do Programa compreendem, pois, propósitos de aprofundamento conceptual e analítico sobre as sociedades contemporâneas, as instituições, os atores, as políticas e os processos relacionais que lhes dão conteúdo e especificidade, quer histórica, quer geográfica, quer política. Pretende-se deste modo, atingir uma consciência teórica e uma capacidade analítica elevadas para estudar e  compreender as sociedades contemporâneas, as políticas e os seus processos institucionais de governação e inovação.