Os Programas de Doutoramento do CES regem-se pelo regulamento Académico da Universidade de Coimbra.

1º ano

Frequência e conclusão dos seis seminários temáticos, com nota mínima em cada seminário de 14 valores.

2º ano

Frequência do seminário temático.

Frequência e conclusão, com aprovação, do seminário de investigação.

• escolha do tema e orientador/a preferencial até novembro;
• entrega do Projeto de Tese (15.000 palavras) até 30 de junho;
• defesa do Projeto de Tese perante um júri interno em setembro.

3º ano e seguintes

Elaboração e defesa de uma tese em provas públicas.

• entrega da tese (80.000 a 100.000 palavras) até ao quinto ano de matrícula;
• defesa da dissertação perante um júri convocado para o efeito de acordo com o disposto no Regulamento dos Doutoramentos pela Universidade de Coimbra, no quadro do DL 74/2006 de março. Artigo 34º.

Diploma Europeu

O Programa de Doutoramento está articulado com o European Doctorate Enhancement in Peace and Conflict Studies, organizado no âmbito da HumanitarianNet, da qual a FEUC faz parte.
Este programa Europeu é partilhado por 13 universidades que constituem referências internacionais na investigação e ensino neste domínio: Bochum, Bradford, Derby, Deusto, Graz,  Kent-at-Canterbury, Limerick, Louvain-la-Neuve, Sófia, Ulster, Upsalla e Utrecht, além de Coimbra.
A participação da FEUC nesta rede permite aos doutorandos a obtenção de um Diploma Europeu (European Doctorate Enhancement) mediante a frequência de dois Programas Intensivos de curta duração oferecidos no âmbito do EDEN e de um período de investigação de seis meses, no mínimo, numa das universidades inseridas no programa.