Os Programas de Doutoramento do CES regem-se pelo regulamento Académico da Universidade de Coimbra.

Como consta da Estrutura Curricular, assim como do Plano de Estudos, o funcionamento deste ciclo de estudos contará com frequência escolar durante o primeiro ano letivo (1º e 2º semestres), o que permitirá, desde logo, encaminhar os estudantes para os seus temas de investigação. Por sua vez, o segundo e terceiros anos (do 3º ao 6º semestres) serão dedicados integralmente à elaboração da tese de doutoramento.  

Os procedimentos de avaliação serão apresentados aos estudantes durante as sessões de contacto com eles.