A atividade científica do CES–Laboratório Associado é norteada por seis grandes orientações estratégicas:

* Promoção de novas epistemologias e estímulo à interação cultural de ideias como exercício de uma ecologia dos saberes;

* Apoio ao desenvolvimento de conceções progressivas de direitos humanos , na luta contra as desigualdades e discriminações raciais, sexuais, entre outras, e ao aprofundamento da democracia;

* Reforço da participação em redes nacionais e internacionais, com especial enfoque na cooperação Norte-Sul e na Europa e nas relações com os países de língua oficial portuguesa;

* Estímulo á participação democrática e à cidadania ativa no apoio à formulação de políticas públicas;

* Aprofundamento do conhecimento sobre a sociedade portuguesa numa perspetiva comparada, de modo a promover a diversidade de visões e os debates democráticos no seu seio;

* Promover os estudos-pós-graduados e atividades de formação avançada de jovens investigadores, profissionais e cidadãos em geral, como forma de contribuir para a melhoria das capacidades societais.

Estas grandes linhas estratégicas são desenvolvidas no quadro das atividades dos seus 5 Núcleos e 6 Observatórios.