O CES está organizado em núcleos de investigação - unidades descentralizadas que englobam um conjunto de investigadores interessados em áreas ou temas relacionados entre si.

- Arquitectura e Urbanismo

- Cidadania e Políticas Sociais

- Cidades e Culturas Urbanas

- Ciência, Tecnologia e Sociedade

- Estudos Culturais Comparados

- Democracia, Cidadania Multicultural e Participação

- Estado, Direito e Administração

- Governação e Instituições da Economia

- Estudos de Migrações

- Estudos para a Paz

- Trabalho e Sindicalismo