O CES está organizado em núcleos de investigação - unidades descentralizadas que englobam um conjunto de investigadores interessados em áreas ou temas relacionados entre si.

- Núcleo de Estudos sobre Cidades, Culturas e Arquitetura (CCArq)
Coordenação: Carlos Fortuna, João Paulo Providência e Nancy Duxbury
Linhas de Investigação: Cultura, património e dimensões simbólicas do planeamento urbano; Arquitectura, regeneração urbana e identidade; Políticas culturais, cidadania inclusiva e governação da cidade; Espaços públicos, culturas e participação urbana; e Artes, modos de vida e experiência urbana

- Núcleo de Estudos sobre Ciência, Economia e Sociedade (NECES)
Coordenação: Alison Neilson, Chiara Carrozza e Susana Costa
Linhas de Investigação: Crises, (in)sustentabilidades e dinâmicas do capitalismo; Economia Política, Política Económica e Constituição Política da Economia; Estudos de Ciência e Tecnologia; Risco, territórios e governação

- Núcleo de Estudos sobre Democracia, Cidadania e Direito (DECIDe)
Coordenação: Luca Verzelloni, Madalena Duarte e Silvia Rodríguez Maeso
Linhas de Investigação: Direitos humanos, violências e cidadania; Estado, administração da justiça e políticas públicas; Democratização, participação política e acesso aos direitos e às justiças numa perspetiva comparada; (Anti-)racismo, cidadania e processos políticos; Memórias, construções identitárias e reconhecimento; Consumo, endividamento e sobreendividamento das famílias.

- Núcleo de Estudos sobre Humanidades, Migrações e Estudos para a Paz (NHUMEP)
Coordenação: Catarina MartinsSílvia Roque e Teresa Cunha
Linhas de Investigação: Discursos, identidades e representações; Imigração e emigração: dinâmicas sociais e políticas; História, memória, diásporas e pós-colonialismos; Poéticas, tradução e estudos comparados; Paz, intervencionismo e governação global;  Violência, guerras e culturas pós-conflito

- Núcleo de Estudos sobre Políticas Sociais, Trabalho e Desigualdades (POSTRADE)
Coordenação: Pedro Hespanha, Maria Filomena Gaspar e Fernando Fontes
Linhas de Investigação: Políticas sociais para a cidadania; Riscos Sociais e Vulnerabilidade Social: ação coletiva, redes e formas organizativas;  Classes e Desigualdades Sociais;  Relações de Trabalho e Sindicalismo