Os objetivos gerais que norteiam as atividades do CES são as seguintes: 

• Promover epistemologias e metodologias inovadoras, contribuindo para o desenvolvimento do pensamento crítico e para a construção de instrumentos de análise crítica da sociedade;
• Estimular uma ecologia de saberes, reconhecendo a diversidade cultural e articulando o conhecimento científico com o conhecimento produzido pelos cidadãos e pelos movimentos sociais em todas as partes do mundo, em todos os níveis de análise – local, nacional, regional, internacional e global;
• Reforçar a cooperação internacional com organizações sedeadas em diferentes regiões do mundo;
• Reforçar as relações com o Sul Global, pondo a partilha do conhecimento, o reconhecimento mútuo e a compreensão intercultural em primeiro plano. No âmbito desta estratégia, os países de língua oficial portuguesa constituem um instrumento de importância fulcral para a promoção de diálogos Norte-Sul e Sul-Sul;
• Estimular a ciência na sociedade e para a sociedade, alargando o envolvimento dos cidadãos e da sociedade civil na cultura científica e revitalizando os direitos humanos tendo em vista os grupos sociais vítimas de opressão, discriminação e exclusão;
• Promover programas de doutoramento temáticos e atividades de formação avançada em linha com os desafios mais prementes para a ciência;
• Promover a investigação sobre a cultura e a arte e uma avaliação crítica do passado e das questões ambientais como forma de impulsionar novos modos de reflexão e autorreflexão sobre a ciência, o conhecimento e a sociedade;
• Apoiar na formulação de políticas públicas através da realização de investigação aplicada num amplo número de áreas com reflexos no bem-estar das sociedades.

O Centro de Estudos Sociais (CES) aderiu, a 23 de janeiro de 2019, à Carta de Princípios para a Igualdade de Género do SAGE – Ação Sistemática para a Igualdade de Género, projeto financiado pela Comissão Europeia no âmbito do Horizonte 2020, que pretende estimular medidas que combatam os desequilíbrios de género e promovam o conhecimento sobre género em instituições de ensino superior e de investigação. A adesão a esta Carta de Princípios constitui um compromisso por parte da CES com os princípios da igualdade de género no âmbito das comunidades académica e de investigação.